Priključitev CT na zaščitni rele se razlikuje od merilnih aplikacij na več pomembnih načinov. Zaščitni releji zahtevajo CT s posebnimi razredi točnosti, ki so zasnovani za linearno delovanje med okvarami, ko so lahko primarni tokovi večkrat večji od nazivne vrednosti. Sekundarni CT mora biti priključen na tokovne vhodne sponke releja s pravilno polarnostjo, da se zagotovi pravilno delovanje usmerjene in diferencialne zaščite.
Sekundarna priključka S1 in S2 je treba priključiti na sponke releja, označene s k oziroma l na diagramu vezja-. Za diferencialne zaščitne sheme je poravnava polarnosti kritična. Tokove, ki vstopajo na obe strani zaščitene opreme, je treba upoštevati glede na njihovo smer. Ko pride do napake med dejanskim delovanjem, mora biti rele sposoben razlikovati med notranjimi napakami in preskoznimi napakami, to razlikovanje pa je v celoti odvisno od pravilne polarnosti CT in povezave.
Pri diferencialni zaščiti transformatorja mora povezava CT-jev upoštevati fazni zamik, ki ga uvede konfiguracija navitja močnostnega transformatorja. Če je primarno navitje transformatorja povezano v trikot-, so primarni CT običajno povezani v zvezdo; če je sekundarno navitje transformatorja povezano v zvezdo-, so sekundarni CT povezani v trikot. To kompenzira 30-stopinjski fazni zamik in zagotavlja, da so tokovi, ki vstopajo v rele, v normalnih pogojih v fazi. Za bolj zapletene situacije se lahko uporabijo zunanji vmesni tokovni transformatorji (ICT), da se doseže zahtevano razmerje in korekcija faze.
Sheme zaščite pred napako na zemlji se prav tako zanašajo na posebne povezave CT. Neposredno posredovanje lahko zagotovi ozemljeno{1}}fazno zaščito z uporabo CT z razmerjem, kot je 50/5 ali 10/1. Rele za izravnavo pretoka zazna ozemljeni-fazni tok z uporabo CT-ja tipa -krof, nameščenega okoli trifaznih vodnikov, kjer bi morala biti vsota tokov običajno enaka nič. Preostali sprožilni rele uporablja preostali tok, ki izhaja iz trifaznih CT-jev.
Ne glede na zaščitno shemo veljajo enaka osnovna varnostna pravila: sekundarni tokokrog CT nikoli ne sme ostati odprt, medtem ko teče primarni tok, sekundarni tokokrog pa mora biti na eni točki ozemljen. Pred ožičenjem je treba sekundarno napeljavo CT -odklopiti tako, da jo kratko povežete prek bloka za kratko stikanje. Vsa sekundarna navitja zunanjega tokovnega transformatorja morajo biti ozemljena na ozemljitveno vodilo in sekundarna navitja CT pod nobenim pogojem ne smejo ostati odprta-v tokokrogu, ko teče primarni tok. Po namestitvi preverite polariteto z opazovanjem izmerjenih tokov releja pod obremenitvijo ali z uporabo merilnika faznih-kotov med zagonom.